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==學術研究==
在研究方面則著有《Comparative Economic Transformations: Mainland China, Hungary, the Soviet Union, and Taiwan》、《共產世界的變遷》、《遠離社會主義》、《抗衡或扈從：兩岸關係新詮》、《俄羅斯轉型，1992-1999：一個政治經濟學的分析》等中英文專書多種，另在《World Politics》、《Asian Survey》等國內外著名期刊發表論文五十餘篇，並數次榮獲行政院國家科學委員會傑出研究獎，堪稱是一個教學與研究皆表現優異的學者。

吳玉山於2016年榮膺中央研究院院士。