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==對二二八事件的觀點==
2006年，朱浤源認為日本人於交接台灣前，蓄意放棄糧食配給管制，造成戰後陳儀政府時期的糧荒災難，進而指出日本人在228事件中需負最大責任。

2007年，朱浤源在由中央研究院舉辦「紀念二二八事件六十週年」學術研討會中，發表「葛超智在二二八事件中的角色」一文，提出二二八事件是前美國副領事柯喬治（George Kerr）支持台獨，醜化蔣政權的結果，而二二八當天的槍擊事件，「可能」是「暴民」所放的黑槍，並假冒政府人員所為。這項說法引起多位台獨人士及部份二二八受難者家屬反彈

2011年十二月十日，朱浤源在華府漢學會（Washington DC Mandarin Association）發表受民主基金會委託最新完成之「二二八研究報告」。據中國時報報導指出，研究成果有五大突破性發現：第一，過去若干口述歷史，執筆者在文字中「上下其手，置入不該有的情緒」；第二，二戰結束以前，中共地下黨已經滲透到國民政府多個部門；第三，台灣的國軍可用之兵僅七百；第四，美國少數希望託管台灣人士介入很深；第五，長老教會廣泛參與攻擊行動。朱浤源指出，基督教長老會與大流氓結合，會同台籍日本兵、中共地下黨等人一齊暴動[1]。該篇報導見報後，在台引起許多爭議。

朱浤源指出，事件的第一位死難者陳文溪是在前一天喪生，係淡水中學畢業。陳文溪的哥哥是大流氓，侄兒也是大流氓，「大流氓與教會就在二二七的晚上結合了」[2]。

二二八事件紀念基金會於事後發布「有關朱浤源等人所撰『二二八事件真相還原』一文之澄清」[3]，特地對外澄清與說明。二二八事件紀念基金會的澄清文中，聲明朱文內容諸多謬誤，且所指與事實不符，而且朱誤將戶籍地當成受難地點，並以此例解讀成死亡人數遭「灌水」，二二八基金會認為其不應草率解讀，有違學術立場。