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==海基會生涯==
1990年11月21日，台灣海峽交流基金會正式成立，並於翌年3月9日開始掛牌運作。該會採取民間團體形式，具法人資格，接受台灣"行政院"指導，“陸委會”為其主管機關，實際上具有半官方性質。該會設董、監理事會，董事長一直由辜振甫擔任，而秘書長自成立到1998年已走馬燈似地換了5個，邱進益就是其中之一。

1993年3月，邱進益出任海峽交流基金會副董事長兼秘書長。4月7日，應大陸海峽兩岸關係協會邀請，台灣海峽交流基金會副董事長兼秘書長邱進益一行下午乘飛機抵達北京，與大陸海協會常務副會長唐樹備進行汪辜會晤預備性磋商。邱進益說，目前，海協會與海基會已建立起了非常好的合作關係，這次來，希望在草簽兩個協議的同時，對建立兩會間制度化的溝通管道能達成一個協議，此外當然還有若干議題，希望雙方在這次會談中能彼此交換意見、達成共識。4月10日，海峽兩岸關係協會常務副會長唐樹備與台灣海峽交流基金會副董事長兼秘書長邱進益，下午在釣魚台國賓館草簽了《兩岸公證書使用查證協議》、《兩岸掛號函件查詢、補償事宜協議》。4月22日，海基會副董事長兼秘書長邱進益一行和海協會常務副會長唐樹備、鄒哲開一行相繼抵達新加坡，為汪辜會談做最後準備，確定了會談的具體地點、主要議題和會談後發表文件的基本內容。